在建設農莊時，經營者僅僅依照個人的構思，請相關的熟人畫幾張圖紙應付一下，結果不僅造成投資浪費，還影響了后期發展。休閑農業規劃有別于建筑設計和旅游策劃，如果不召集不同領域的專家組成專業的規劃設計機構，不結合休閑農業整體發展狀況來進行規劃，農莊經營的后續發展的確很難。

農莊經營范圍不同，選址要求也不同。選址前沒有充分考慮到租金、景致、面積規模、投資額多少、經營范圍、道路交通、政府近期長期規劃、當地關系處理、客源來源和流向等各方面的綜合因素。

選址欠缺考慮，會帶來各種潛在隱患：一是交通隱患。交通不便導致客流量少。農莊老板為了追求與世隔絕的寧靜和諧感覺，選擇了自己家鄉偏遠山區一個獨特景觀的地方，但路途顛簸，許多交通工具難以進入，對客人帶來很多不便的同時也使客流量大大降低。二是安全隱患。農莊地形比較復雜，復雜的地形雖然為生態農莊制造了天然的景觀，然而在倚仗自身地理位置優越的同時，部分地理優勢如依山傍水、臨湖綠樹等成了安全隱患的禍首。

農莊忽視了因地制宜的原則，盲目追求設施的高檔化和規模，強行將一部分耕地作為養殖魚塘，大部分水稻田成為了果園，一部分則改建成素質拓展中心等，通過人工改造雕琢形成的特色農莊不僅造成資源浪費也改變了土地的性質。

農莊投入巨資，全力打造青少年素質教育基地，“翻越雪山”、“飛奪瀘定橋”、“真人CS”等項目，為了追求更高的經濟效益。通過改變土地的性質建立農莊，謀求短期的效益，勢必會不利于當地的農業生態環境發展。

農莊無論是建筑風格，經營項目，還是服務方式與營銷模式都是按照朋友建議或自己設想的方式開展，缺乏一整套的經營管理理念和模式，與同一區域的農莊差別不大，同質化現象非常嚴重，更不用談與時俱進，開拓創新。由于農莊的經營其旅游特性是很明顯的，游客一般都集中在節假日。平時要能吸引游客，就一定要走特色經營的路子。哪怕盤子小，也要做得精細。沒有新鮮感，只能被淘汰。

農莊在一些人工景點等沒有收入的項目投資過大，特別是在投資資金有限的情況下，資金重點沒有投在特色養殖、餐飲、種植、體驗活動、住宿等方面，使投資資金盡快收回并繼續擴大生產，縮短資金周轉周期，促進資金周轉以發揮資金最大效益。而是在還達不到這些基本要求時，在建設之前想得太空太大，導致項目工程進展慢，很多工程無法施行，對資金和時間造成了極大浪費。

農莊憑個人的想法進行投資，導致了設施建設與一些項目重復投資，或者是投資規劃不合理造成資金浪費大。同時規劃不合理還導致功能布局混亂，影響人流、物流增加許多成本，而且農莊沒有一點美感，留不住顧客，游客形成不了二次消費，影響效益滾動。

一類問題是產業類型單一：只有種養和休閑、娛樂兩種。二類問題是產品形式單一。產業農莊大多缺乏準確定位，沒有形成產業優勢。三類問題是沒有休閑農業的專業人才來打理農莊，導致農莊管理粗放，與現代農莊的發展模式相去甚遠，農莊整體發展水平低下。

農莊雖然擁有得天獨厚優勢的地理優勢，但沒有形成自己真正的品牌特色優勢，比如不能像一些古鎮具有自身的特色，形成不了行業競爭力。無論是房屋設計還是菜式制作，都是清一色模仿城市里面的風格。如此一來，雖然在前期的一段時間內能賺到一點錢，但隨著時間的推移，越來越多新農莊的出現，缺少品牌意識的農莊也很容易被取代被歷史淹沒。